Elewacje kościoła
Pierwsze prace konserwatorskie przy elewacjach kościoła po zakończeniu wojny zostały wykonane przez Nadbałtyckie Centrum Kultury w roku 2007.Do tego czasu ostatnie prace konserwatorskie przy elewacjach świątyni prowadzone były w II połowie XIX w. W ramach prowadzonych prac na elewacjach przywrócone zostały historyczne elementy charakterystyczne dla kościoła św. Jana, znane z przekazów archiwalnych.
Jednym z nich jest motyw szachownicy. Wzór ten układano z większych i mniejszych kwadratowych glazurowanych płytek w kolorze ciemnozielonym i brązowo-żółtym Również w jednym z okien w prezbiterium w zwieńczeniu maswerku zachował się XIX-wieczny fragment witrażu z motywem szachownicy. W 2007 r. wykonana została konserwacja szczytu transeptu południowego, którego stan techniczny był bardzo zły. W trakcie prac na parapecie odkryte zostały glazurowane płytki a w blendach zachowały się ślady tynku, który został przywrócony zgodnie z archiwalnymi przekazami.
Latem 2008 r. rozpoczęły się prace konserwatorskie przy elewacji południowej kościoła obejmujące swoim zasięgiem prezbiterium i transept. Z rusztowań udało się odkryć wiele śladów dawnej dekoracji kościoła takich jak fryz ornamentalny w pasie podokapowym, pobiały w glifach okiennych, tynki w blendach, oraz pozostałości zegara słonecznego na wschodniej przyporze transeptu.
Prace konserwatorskie przy elewacji południowej były kontynuowane w roku 2011 i objęły swym zasięgiem korpus nawowy. Podobnie jak podczas wcześniejszych prac, w tej części kościoła zachowały się ślady ornamentalnego fryzu ale o formie odmiennej od tego, który występuje na transepcie i prezbiterium.
W miarę pozyskiwanych przez NCK środków finansowych z budżetu samorządu Województwa pomorskiego, miasta Gdańsk i funduszy europejskich konserwacja elewacji kościoła była kontynuowana w roku 2012 przy wieży w ramach prac odtworzony został zegar z czterema tarczami, zniszczony w marcu 1945 r. Każda tarcza ma średnicę ponad 4 m i jest dekorowana złoconymi cyframi i ozdobnym słońcem.
Prace konserwatorskie przy elewacji północnej kościoła od strony zaułka Zachariasza Zappio prowadzone były w latach 2014 i 2015. Podczas ich wykonywania oprócz dekoracji znanych już z poprzednich elewacji odkryty został oryginalny poziom kamiennej nawierzchni zaułka a na ścianie zachodniej transeptu północnego konserwowany był największy zachowany fragment fryzu ornamentalnego. W trakcie prac w roku 2015 konserwacji poddane zostało oryginalne pochodzące z końca XVII w. 12 kwaterowe okno w Bibliotece ufundowanej przez Zachariasza Zappio.
W 2017 roku, w ramach drugiego etapu projektu rewaloryzacji i adaptacji kościoła św. Jana w Gdańsku na Centrum św. Jana, konserwacji poddana została ostatnia już elewacja kościoła – wschodnia – która od trzeciej ćwierci XVII w. jest odchylona o blisko metr od pionu. O tym wydarzeniu świadczą kuty napis i cyfry – ANNO 1679, zamocowane w górnej partii elewacji które również zostały odnowione. W przyziemiu od strony północnej przywrócone zostało oszklenie neogotyckiego okna w dawnej zakrystii obecnie kaplicy, zamurowane po zakończeniu wojny.
Po wielu dziesięcioleciach wyjątkowa bryła kościoła św. Jana w Gdańsku odzyskała dawny blask ponownie ukazując historyczne elementy dekoracyjne jego wyjątkowej architektury.