Drewniana barokowa empora zdobiona cyklem obrazów wykonana została w latach 1622-1666. Usytuowana została wzdłuż ściany południowej kościoła począwszy od zachodniej ściany transeptu, przez południową ścianę nawy południowej, kończyła się w zachodnim narożu tejże nawy. Posadowiona została na wysokości około 4 metrów nad posadzką, miała łączną długość 37 m.
Empora składała się z podestu i bogato zdobionej balustrady. Pola balustrady empory ozdobione zostały cyklem 28 obrazów o tematyce zaczerpniętej ze Starego i Nowego Testamentu (5 od strony transeptu i 23 od strony nawy południowej), powstałym na podstawie wzorników graficznych w jednym z lokalnych cechowych warsztatów. Obrazy podzielone zostały 31 rzeźbionymi słupkami z przedstawieniami podpisanych postaci biblijnych. Wykonawcą elementów rzeźbionych był snycerz Assmus Scholl, natomiast obrazy podobno rozpoczął malarz Baltzer Munke w 1664 roku, lecz zmarł i kończył je ktoś inny. W 1666 roku Zachariasz Zappio zapłacił za obrazy. Na emporę prowadziły dwa wejścia – od strony transeptu oraz w zachodnim narożu nawy południowej.
W latach 1943-44 dekoracja empory została rozebrana i ewakuowana. Do dnia dzisiejszego nie zachowały się dwa obrazy z cyklu – „Oczyszczenie warg Izajasza” oraz „Chrystus błogosławiący dzieci”. Pozostałe obrazy (26 sztuk) przechowywane były w Muzeum Narodowym w Gdańsku. Ocalała również bogata dekoracja rzeźbiarska. Pozostawiona w kościele drewniana konstrukcja empory spłonęła w 1945 r.
W ramach rekonstrukcji wykonano wtórną, stalową konstrukcję nośną empory opartą na historycznych gniazdach ściany południowej oraz klatki schodowe. Rzeźbione elementy dekoracyjne i obrazy zostały poddane konserwacji i zostały umieszczone na swoich oryginalnych miejscach.
Prace konserwatorskie przy emporze południowej zostały zakończone w kwietniu 2019 roku. Wszystkie elementy zabytku powróciły na swoje pierwotne miejsce i po raz pierwszy od demontażu i ewakuacji w 1943 roku można podziwiać ten niezwykle dekoracyjny obiekt w całości, w historycznym wnętrzu kościoła św. Jana.
Empora południowa, zdjęcie archiwalne ze zbiorów NCK. 
Montaż stalowej konstrukcji nośnej empory południowej opartej na historycznych gniazdach ściany południowej, fot. Iwona Berent. 
Montaż elementów zabytkowych na nowej konstrukcji empory, fot. Iwona Berent. 
Tymczasowa ekspozycja słupków empory południowej we wnętrzu kościoła św. Jana (lata 2013-2017) , fot. Iwona Berent. 
Elementy dekoracji rzeźbiarskiej przed konserwacją, fot. Iwona Berent. 
Element rzeźbiarski w trakcie konserwacji, fot. Iwona Berent. 
Obraz w trakcie konserwacji, fot. Iwona Berent. 
Obrazy z empory południowej w pracowni konserwatorskiej, fot. Iwona Berent. 
Empora południowa po zakończeniu prac konserwatorskich, kwiecień 2019, fot. Iwona Berent.