W latach 1760-61 w transepcie północnym na emporze muzycznej zbudowany został 30-głosowy instrument organów bocznych. Był to drugi instrument w świątyni, pomocniczy dla organów głównych. Budowniczym tego najnowocześniejszego w owym czasie w Europie instrumentu był Johann Friedrich Rhode.
Instrument ten był wówczas bardzo nowoczesny pod względem brzmieniowym i znalazł uznanie w całej Europie. Cechowała go wysoka jakość wykonania, użytych materiałów, a także bardzo dobra jakość brzmieniowa, dlatego też został szczegółowo opisany w ówczesnej literaturze.
Oprawę rzeźbiarską prospektu organowego w stylu rokoko wykonał Johann Heinrich Meissner, jeden z najwybitniejszych rzeźbiarzy działających nad Bałtykiem. Prospekt ozdobiony został wysokiej klasy przedstawieniami rzeźbionych postaci wieńczących wieże – centralnie świętego Jana, po bokach czterech grających aniołów, zwanych orkiestrą anielską oraz motywami rocaille umieszczonymi na elementach szafy oraz w przestrzeniach piszczałkowych. Po obu stronach prospekt wieńczą rzeźbione uszaki, u dołu zaś rzeźbione putta. Balustrady empory wypełnione są płycinami z rokokowym ornamentem. Drewniany prospekt wykończono w kolorystyce kremowo-białej ze złoceniami w technice „chipolin”.
W 1912 roku instrument został przebudowany, powstał wtedy 17-głosowy instrument pneumatyczny zbudowany przez firmę Wittek z Elbląga.
W latach 2017-19 Nadbałtyckie Centrum Kultury podjęło się zadania odbudowy organów bocznych według Johanna Friedricha Rhodego, było to największe wyzwanie II etapu projektu rewaloryzacji i adaptacji kościoła. Główną ideą, która przyświecała tej realizacji była maksymalna wierność przy odtworzeniu instrumentu, który został szczegółowo opisany w przeszłości. Natomiast zachowaną prawie w całości dekorację rzeźbiarską prospektu organowego poddano konserwacji i umieszczono na szafie organowej, a balustrady zamocowano na oryginalnych miejscach w północnej ścianie kościoła.
Podczas II wojny światowej, w latach 1943-44 rzeźbiony prospekt został zdemontowany i wywieziony z kościoła, dzięki czemu zachował się. Instrument niestety pozostał w kościele i został zniszczony w marcu 1945 r. Szczęśliwie ocalony prospekt J.H. Meissnera przez ponad 70 lat leżał z magazynach.
Bogato rzeźbiony i polichromowany prospekt organowy przetrwał wojnę w zaskakująco dobrym stanie, dzięki czemu możliwy był jego powrót do kościoła w niemalże niezmienionej formie.
Wystrój plastyczny zabezpieczonego prospektu był po wojnie znacznie rozproszony – poszczególne elementy znajdowały się w składnicach konserwatorskich w Oliwie oraz na terenie Bazyliki Mariackiej. Podczas prac, na podstawie zdjęć i opisów archiwalnych, wszystkie elementy zostały zebrane, zidentyfikowane i złożone w podzespoły, a następnie oczyszczone, scalone, uzupełnione w miejscach ubytków i uszkodzeń i zakonserwowane.
Już podczas trwania prac konserwatorskich w 2018 roku szczęśliwie odnalezione zostały wszystkie skrzydła aniołów oraz brakująca ręka jednego z nich. Zaplanowana wcześniej rekonstrukcja tych elementów okazała się niepotrzebna, zamiast niej wykonano konserwację odzyskanych elementów.
Część zabytkowych elementów dekoracyjnych zostało wysłanych do pracowni organmistrzowskiej w Belgii w celu odwzorowania kształtu zewnętrznego prospektu organowego, proporcji jego poszczególnych części oraz ich układu względem siebie, a także dopasowania rekonstruowanego instrumentu do zachowanych części zabytkowych. 30-głosowy instrument organów bocznych został odtworzony na podstawie zachowanych opisów i przy użyciu materiałów zgodnych z techniką oryginału. Wraz z rzeźbiarską dekoracją prospektu organowego został zawieszony w północnym ramieniu transeptu, na współczesnej konstrukcji stalowej, w miejscu oryginalnych otworów po mocowaniu.
W roku 2019, po 74 latach od zakończenia II wojny światowej do kościoła św. Jana w Gdańsku powrócił na swoje dawne miejsce w zrekonstruowanej formie 30-głosowy instrument organowy oraz oryginalny XVIII-wieczny wystrój rzeźbiarski.
Konserwację imponującego prospektu organowego wykonała firma Dart S.C. Instrument został zrekonstruowany przez konsorcjum SLJ BUDOWA ORGANÓW i Orgelbau Schumacher.
Organy boczne, lata 1761-1943; materiał archiwalny ze zbiorów NCK. 
Transept północny po zniszczeniach wojennych 1945 – 1952, materiał archiwalny ze zbiorów NCK 
Transept północny do roku 2018, fot. Iwona Berent 
Organy boczne po konserwacji, stan obecny; fot. Iwona Berent 
Organy boczne do 1943 r., materiał archiwalny ze zbiorów NCK 
Organy boczne po konserwacji, stan obecny; fot. Iwona Berent 
Grafika prezentująca stan zachowania elementów zabytkowych, Joanna Labenz 
Figura anioła z prospektu organów bocznych, do 1943 r., materiał archiwalny ze zbiorów NCK 
Figura anioła z prospektu organów bocznych w magazynie; fot. Iwona Berent 
Figura anioła z prospektu organów bocznych w pracowni konserwatorskiej; fot. Iwona Berent 
Figura anioła z prospektu organów bocznych po konserwacji, stan obecny; fot. Iwona Berent 
Figura anioła z prospektu organów bocznych, do 1943 r., materiał archiwalny ze zbiorów NCK 
Figura anioła z prospektu organów bocznych z dopasowanymi odnalezionymi skrzydłami w pracowni konserwatorskiej; fot. Iwona Berent 
Figura anioła z prospektu organów bocznych po konserwacji, stan obecny; fot. Iwona Berent 
Zabytkowe elementy prospektu organów bocznych w magazynie, przed konserwacją; fot. Iwona Berent