Centrum św. Jana powstało w roku 1995 w wyniku porozumienia pomiędzy Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, właścicielem kościoła św. Jana w Gdańsku. Na mocy wzajemnych uzgodnień NCK zobowiązało się do zarządzania odbudową zniszczonego obiektu w celu uruchomienia w nim miejsca łączącego funkcję sali koncertowej i wystawowej. Od początku działania w Centrum św. Jana odbywają się koncerty, pokazy, przedstawienia, wystawy i inne wydarzenia artystyczne. Głównym założeniem prowadzonej w tym miejscu działalności kulturalnej jest wykreowanie miejsca otwartego na różnorodne projekty i przedsięwzięcia artystyczne, miejsca służącego zarówno artystom, jak i odbiorcom sztuki, miejsca, w którym następuje naturalna synchronizacja pomiędzy zachowanym dziedzictwem historyczno-kulturowym a współczesnością.
Podstawowym narzędziem realizacji tych założeń jest ścisła współpraca Nadbałtyckiego Centrum Kultury z większością instytucji i organizacji kulturalnych na Pomorzu w celu współorganizacji różnorodnych wydarzeń artystycznych i kulturalnych. Dzięki takim zasadom działania, na przestrzeni 13 lat kościół św. Jana stał się miejscem prezentacji wydarzeń w ramach znanych, cyklicznych festiwali, takich jak: Festiwal Szekspirowski (organizator – Fundacja Teatrum Gedanense), Świętojańskie Świętowanie (organizatorzy – Nadbałtyckie Centrum Kultury i Państwowa Opera Bałtycka), Festiwal Muzyki Inspirowanej Folklorem Dźwięki Północy (organizator – Nadbałtyckie Centrum Kultury), Festiwal Kultur Świata Okno na świat (organizator – Nadbałtyckie Centrum Kultury), Gdańska Wiosna Muzyczna (organizator – Zespół Muzyki Dawnej Cappella Gedanensis), Festiwal Muzyki Gospel Camp Meeting (organizator – Stowarzyszenie Miłośników Muzyki Chrześcijańskiej Gospel w Osieku), Festiwal Gwiazd (organizator – Stowarzyszenie Kultury Akademickiej Instytut Sztuki).
W kościele św. Jana odbywały się również wydarzenia realizowane wspólnie z Urzędem Miejskim w Gdańsku (m.in. Koncert Pojednania w wyk. Israel Philharmonic Orchestra pod batutą Zubina Mehty w obecności Prezydentów RP i RFN – 1999, Koncert dla Grassa – 2007), Instytutem Adama Mickiewicza w Warszawie, Europejskim Centrum Solidarności, Instytutem Kultury Miejskiej, Polską Filharmonią Kameralną Sopot, Międzynarodowymi Targami Gdańskimi, Gdańskim Archipelagiem Kultury, Teatrem Wybrzeże, Polską Filharmonią Bałtycką, Filharmonią Sinfonia Baltica w Słupsku, Polskim Chórem Kameralnym Schola Cantorum Gedanensis, trójmiejskimi uczelniami – Uniwersytetem Gdańskim, Akademią Muzyczną i Politechniką Gdańską oraz licznymi organizacjami pozarządowymi.
Dzięki ogromnemu wysiłkowi organizacyjnemu i promocyjnemu zarówno Nadbałtyckiego Centrum Kultury, jak i innych instytucji i organizacji kulturalnych Pomorza, kościół św. Jana stał się rozpoznawalny na kulturalnej mapie Pomorza, Polski, a nawet Europy, jako niepowtarzalne miejsce wydarzeń artystycznych i spotkań ludzi kultury. Fakt ten wskazuje na wielki potencjał kulturotwórczy tego miejsca.
Od roku 1995 Nadbałtyckie Centrum Kultury prowadzi prace konserwatorskie i budowlane, zmierzające do zabezpieczenia zabytkowego obiektu. Prace rozpoczęto od wzmocnienia konstrukcji w części wschodniej kościoła, poprzez wstrzyknięcie betonu w fundamenty i pod filary, by ostatecznie usunąć zagrożenie dla statyki obiektu. Ponadto zrekonstruowane zostały okna maswerkowe, wrota w transepcie północnym i południowym oraz kamienna posadzka w prezbiterium i transepcie, pod którą ułożona została instalacja grzewcza. Przeprowadzono badania i wstępną konserwację zachowanych polichromii ściennych oraz konserwację płyt nagrobnych. Konserwatorzy przywrócili również historyczny kształt epitafium Schrödera oraz unikatowego ołtarza głównego.
W roku 2005 do kościoła powrócił zabytkowy krucyfiks z belki tęczowej, który od czasu zakończenia II wojny światowej znajdował się w kościele św. Trójcy w Gdańsku. Obecnie po wstępnej konserwacji zawieszony jest na ścianie wschodniej południowego transeptu, w przyszłości być może powróci na swoje pierwotne miejsce w nawie głównej prezbiterium.
Kościół jest siedzibą Duszpasterstwa Środowisk Twórczych. W każdą niedzielę i święta o godzinie 12.00 odbywają się tu msze, gromadzące ludzi kultury i sztuki.