Poświęcony patronowi kościoła, św. Janowi Chrzcicielowi, monumentalny kamienny ołtarz główny wykonany został w latach 1599-1612 przez warsztat Abrahama van den Blocke. Znajduje się w południowej nawie prezbiterium. Był odnawiany w latach 1673, 1712, 1737 i 1823.
Ze względu na swoje rozmiary obiekt nie był ewakuowany podczas II Wojny Światowej i pozostał w kościele. Zabezpieczono go jedynie prowizorycznym drewnianym deskowaniem i ceglanym murkiem. Zabezpieczenie nie zdołało ochronić ołtarza przed skutkami pożaru, uszkodzeniem elementów rzeźbiarskich ani powojenną dewastacją podczas niemalże pięćdziesięcioletniej przerwy w użytkowaniu kościoła.
Pierwszy etap prac konserwatorskich przy renesansowym ołtarzu, prowadzony przez Nadbałtyckie Centrum Kultury, odbył się w latach 1995-1997. Konserwacja ta przywróciła formę rzeźbiarską obiektu bez rekonstrukcji warstw polichromii i złoceń.
Podczas drugiego etapu konserwacji, zabezpieczono i utrwalono substancję zabytku, oczyszczono go z zabrudzeń, podklejono luźne elementy, zabezpieczono zachowane partie oryginalnych warstw malarskich i złoceń. Wykonano badania laboratoryjne zachowanych pigmentów, a poszczególne elementy ołtarza zostały scalone kolorystycznie. W związku z dostępem do nowych materiałów archiwalnych, podjęto decyzję o przywróceniu ołtarzowi wystroju malarskiego z XVII wieku. Zrekonstruowano polichromie, uczytelniono inskrypcje oraz odtworzono złocenia.
Restauracja obiektu została wykonana przez firmę Konserwacja Zabytków MATHES&MATHES, kierownikiem prac była Pani konserwator Małgorzata Sadowska-Mathes.
Konserwacja obiektu została wykonana w ramach RPO WP na lata 2014-2020. Całkowity koszt inwestycji wyniósł 390 000 zł.