Poświęcony patronowi kościoła, św. Janowi Chrzcicielowi, monumentalny kamienny ołtarz główny wykonany został w latach 1599-1612 przez warsztat Abrahama van den Blocke. Znajduje się w południowej nawie prezbiterium. Był odnawiany w latach 1673, 1712, 1737 i 1823.
Ze względu na swoje rozmiary obiekt nie był ewakuowany podczas II Wojny Światowej i pozostał w kościele. Zabezpieczono go jedynie prowizorycznym drewnianym deskowaniem i ceglanym murkiem. Zabezpieczenie nie zdołało ochronić ołtarza przed skutkami pożaru, uszkodzeniem elementów rzeźbiarskich ani powojenną dewastacją podczas niemalże pięćdziesięcioletniej przerwy w użytkowaniu kościoła.
Pierwszy etap prac konserwatorskich przy renesansowym ołtarzu, prowadzony przez Nadbałtyckie Centrum Kultury, odbył się w latach 1995-1997. Konserwacja ta przywróciła formę rzeźbiarską obiektu bez rekonstrukcji warstw polichromii i złoceń.
Podczas drugiego etapu konserwacji, zabezpieczono i utrwalono substancję zabytku, oczyszczono go z zabrudzeń, podklejono luźne elementy, zabezpieczono zachowane partie oryginalnych warstw malarskich i złoceń. Wykonano badania laboratoryjne zachowanych pigmentów, a poszczególne elementy ołtarza zostały scalone kolorystycznie. W związku z dostępem do nowych materiałów archiwalnych, podjęto decyzję o przywróceniu ołtarzowi wystroju malarskiego z XVII wieku. Zrekonstruowano polichromie, uczytelniono inskrypcje oraz odtworzono złocenia.
Restauracja obiektu została wykonana przez firmę Konserwacja Zabytków MATHES&MATHES, kierownikiem prac była Pani konserwator Małgorzata Sadowska-Mathes.
Konserwacja obiektu została wykonana w ramach RPO WP na lata 2014-2020. Całkowity koszt inwestycji wyniósł 390 000 zł.
Ołtarz główny, lata 20. XX w., zdjęcie archiwalne, materiały NCK. Ołtarz główny, 1946 r., materiały NCK. Ołtarz główny, 1946 r., materiały NCK. Ołtarz główny przed II etapem prac, stan do maja 2018 r., fot. I. Berent. Ołtarz główny, maj 2018 – kwiecień 2019 r., fot. I. Berent. Ołtarz główny, kwiecień 2019, fot. I. Berent Ołtarz główny, maj 2019, fot. Iwona Berent. Ołtarz główny, listopad 2019, fot. Iwona Berent.